二者都可以用来安装应用程序，区别如下：
1.msi
msi文件是Windows Installer的数据包，它实际上是一个数据库，包含安装一种产品所需要的信息和在很多安装情形下安装（和卸载）程序所需的指令和数据。MSI文件将程序的组成文件与功能关联起来。此外，它还包含有关安装过程本身的信息:如安装序列、目标文件夹路径、系统依赖项、安装选项和控制安装过程的属性。
（说到MSI文件，不得不先说说Windows Installer，它不只是安装程序，而是可扩展的软件管理系统。Windows Installer的用途包括：管理软件的安装、管理软件组件的添加和删除、监视文件的复原以及使用回滚技术维护基本的灾难恢复。）
2.exe
exe是一个安装引导程序。主要是用于检查安装的环境，当检查成功后，会自动再安装msi文件。但是开发exe要比msi困难，因为需要编写和安装、修改、卸载相关的很多内容，而msi把这些功能都集成化了，易于开发windows程序安装包。
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